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Tem a incumbência de coordenar a política municipal de saúde, em consonância com as diretrizes emanadas pelo Sistema Único de Saúde – SUS, por meio de ações e serviços que visem à promoção, proteção e recuperação da saúde dos municípios, tendo como princípios a universalização, equidade e integralidade, qualidade na prestação de serviços e humanização no atendimento ao cidadão, promovendo a melhoria da qualidade de vida da população; em especial: definir e implementar as políticas municipais de Saúde, em consonância com as diretrizes estabelecidas no plano de governo, na legislação municipal, estadual e federal pertinentes e obedecer ainda às orientações e deliberações do Conselho Municipal de Saúde;
Gerenciar os recursos financeiros alocados no Fundo Municipal de Saúde, em consonância com legislação específica em vigor, de modo a viabilizar as ações planejadas no âmbito da Secretaria Municipal; Planejar as ações e serviços de sua competência de modo a conservar a saúde e a interferir nos fatores de agravos à saúde da população; Gerenciar as ações e os serviços de saúde com vistas à maior eficácia de sua prestação; Garantir, na implantação da Política Municipal de Saúde, o enfoque de ação programática fundamentada na lógica epidemiológica e no enfoque de risco à saúde, promovendo ações de promoção, proteção, recuperação e reabilitação de saúde de forma integrada com os serviços de saúde; Propor e gerenciar convênios com instituições públicas ou privadas, expressando os objetivos que definem as políticas de saúde municipal; Participar da formulação da política e da execução das ações de saneamento básico junto aos órgãos competentes; Controlar e fiscalizar, no âmbito municipal, todos os serviços, produtos e substâncias de interesse para a saúde.